В общем проблема следующая: катался, заглушил, а потом бац и не заводится - стартер не крутит (при этом реле щелкает), предохранители все проверил, кнопки сцепления и подножки тоже. Завел только после того, как покатал мот на первой скорости.

Я так полагаю что проблема в стартере (щетки например)? может ли еще что-нибудь влиять?

Доброго. Могут быть проблемы в самом реле, т.е. "щёлкает", но при этом тока достаточно не пропускает. Тем паче, что за стартер отвечают сразу 2 реле. Я одно из них, которое малоточное, заменил на реле стартера от авто. Поэтому не спеши разбирать стартер. Если проблема повторяется постоянно - попробуй перемкнуть реле стартера отвёрткой. Оно слева под декоративной крышкой с самыми толстыми проводами, закреплёнными 2-мя болтами м6.